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隨著牙齒牙釉質與牙本質等硬組織的破壞，口腔內數百種細菌便肆無忌憚地侵犯牙髓腔內的牙髓組織，輕者引起牙齒疼痛，嚴重者引起顏臉部腫脹，造成蜂窩性組織炎等細菌感染症狀。這時牙醫師便須施以「根管治療」，以排除根管系統內的細菌，恢復病患的口腔健康。
所謂根管治療，就是利用各種治療器械及化學藥物，去除根管系統內感染的有機和無機物質，進行根管的清創與修形，並塑造出特定的形狀，以便達到緻密的根管充填。治療可分成診斷期、根管製備期及根管封填期三個階段，三個階段猶如三足鼎立缺一不可，任何治療環節稍有疏失，整個療程便告失敗。
傳統的二氧化碳雷射、釹雷射由於是利用熱效應作用於標定物，對硬組織會造成龜裂和融合的現象，所產生的熱也會引起牙髓組織或骨細胞發炎，甚至壞死。
然而最新研發的雷射根管治療，作用在標定物時並不會額外產生熱，也就不會引起鄰近組織的發炎或壞死，由於它具有縮短手術與復原時間，減少術後疤痕及腫脹程度，並可達到最佳癒後結果等諸多功效。
因此使用雷射根管治療移除深度齲齒病灶時，能夠在徹底消毒牙齒硬組織的情況下，不至於造成牙髓組織發炎與壞死。甚至可以降低可逆性牙髓炎的發炎程度，刺激牙髓組織再生與復原，保留牙齒構造的完整性。但其治療都需要有接受過完整專業的訓練及學習的專科醫師，非常謹慎細心地進行，以避免不必要的併發症產生。
如果牙齒受到外力，或因為蛀牙，牙周病而導致牙髓發生嚴重的發炎，甚至壞死時，就必須進行根管治療。否則發炎細胞會引起劇烈疼痛，並且進入牙根周圍的牙周組織，引起齒槽骨的破壞，造成牙齒開始鬆動，無法咀嚼。最後，只好將牙齒拔除。
根管治療可以免除牙齒被拔除的命運！若在治療前評估，牙齒的齒質依然足夠的狀況下，進行根管治療後的牙齒，便可以停止發炎所引起的牙周破壞，進而保留牙齒作為假牙的基礎。
接受根管治療期間，可能會有短暫數天的不適感，屬於正常現象。且大多可經由服用止痛藥來解決，有時可在一兩天內自行緩解。
如果無法緩解症狀，便需立即與診療醫師聯絡。進行進一步的治療。另外，治療中的牙齒，必須避免咀嚼，以免脆弱的牙齒容易咬裂而必須拔除。
進行第一次的根管治療時，除非神經已壞死或是重新治療的狀況，通常必須在麻醉下進行，但是在治療期間的痠痛，則大多是因為治療尚未完成，殘餘的發炎組織，或是治療中產生的牙本質碎削所造成的。
